OpenAI’nin dil işleme alanında devrim yaratan GPT-4 yapay zeka modeli, biyolojik yapı modelleme konusundaki yetenekleriyle bilim insanlarını şaşkına çevirdi. Rutgers Üniversitesi tarafından gerçekleştirilen bir araştırma, GPT-4’ün basit amino asitler ve protein yapıları gibi biyolojik molekülleri yüksek hassasiyetle modelleyebildiğini ortaya koydu. Ancak, GPT-4 dilin biyolojik modelleme yetenekleri nasıl kazandığı hala belirsizliğini koruyor.
Araştırma kapsamında GPT-4’ten, 20 farklı standart amino asidin üç boyutlu yapı modellerini oluşturması istendi. Elde edilen sonuçlar oldukça etkileyiciydi; model, atom bileşimi, bağ uzunlukları ve açıları doğru bir şekilde tahmin edebildi. Ancak, halkalı yapılar ve stereo-kimyasal konfigürasyonlar söz konusu olduğunda bazı hatalar gözlemlendi. Başka bir deneyde ise GPT-4, yaygın bir protein yapı elemanı olan α-sarmal yapısını modellemekle görevlendirildi. Bu görevde Wolfram eklentisi kullanılarak yapılan matematiksel hesaplamalar, modelin deneysel verilerle uyumlu sonuçlar verdiğini gösterdi. GPT-4 dilin gücüyle bu modellemeler daha da ileriye taşınabilir.
GPT-4 ayrıca, antiviral ilaç Nirmatrelvir’in SARS-CoV-2’nin ana proteazı ile nasıl bağlandığını analiz etti. Model, GPT-4 dilin işleme yetenekleriyle, bağlanmada yer alan amino asitleri doğru bir şekilde tanımlayarak etkileşimdeki atomlar arasındaki mesafeleri kesin olarak belirledi.
GPT-4’ün biyolojik yapı modelleme konusundaki başarısı, bu alanda özel olarak geliştirilmemiş bir model için oldukça dikkat çekici. Araştırmacılar, modelin bu yeteneklerinin eğitim verisetindeki mevcut atom koordinatlarından mı yoksa sıfırdan mı hesaplama yaparak mı elde edildiği konusunda daha fazla araştırma yapılması gerektiğini belirtiyor. GPT-4 dilin analitik gücü de daha fazla test edilmelidir.
Öte yandan, AlphaFold 3 gibi özel yapay zeka araçları daha karmaşık yapıları tahmin etme kapasitesine sahipken, GPT-4’ün temel biyolojik yapıları modelleme konusundaki başarısı, bu teknolojinin potansiyelini gözler önüne seriyor.